Die Anfänge des Klosters St. Johannis liegen weit zurück im vorreformatorischen Mittelalter. Erstmalig im 13. Jahrhundert kam es zur Gründung von Klöstern in den Mauern Hamburgs. 1236 wurde von den Dominikanern das Kloster St. Johannis gegründet, das etwa 300 Jahre später der Stiftung ihre erste Heimstätte und auch den Namen geben sollte. Die eigentliche Vorgängerin war jedoch das Zisterzienserinnen Nonnenkloster Herwardeshude.Dieses Nonnenkloster wurde 1246 von der Gräfin Heilwig, der Gemahlin des in den Franziskanerorden eingetretenen Grafen Adolfs IV. von Schauenburg, gegründet. Es lag außerhalb des damaligen Gebietes der Stadt Hamburg auf einer Anhöhe über der Elbe bei dem Dorfe Herwardeshude.
Das Leben der Nonnen verlief jahrzehntelang in altgewohnten Bahnen
Für die Entwicklung des Klosters waren die den Nonnen 1293 von den holsteinischen Grafen erteilten Privilegien von besonderer Bedeutung. Ihnen wurden auf ewige Zeiten die bei den Dörfern Heimichhude und Odersvelde gelegenen Felder abgabenbefreit verkauft und die Befreiung von allen Lasten und Diensten bestätigt.Aus dieser Zeit rührt der Name Vrauwendal für das bei dem Dorfe Odersvelde am Ufer der Alster gelegene Tal. Doch auch der alte Name „Kloster Herwardeshude“ blieb gebräuchlich. Nach ihm wurde später der am rechten Alsterufer gelegene Stadtteil Harvestehude benannt. Viele Straßennamen wie Frauenthal, Klostergarten, Nonnenstieg und Abteistraße weisen noch heute auf die einstige Belegenheit des Klosters in dieser Gegend hin. Viele Dörfer und Liegenschaften, die heute Teil des Hamburger Stadtgebietes sind, gehörten dauernd oder vorübergehend zum Grundbesitz des Klosters, dessen Flächenumfang im 14. Jahrhundert größer als das Gebiet der damaligen Stadt Hamburg war.Über die Geschichte des Klosters und die Lebensführung der Klosterfrauen bis zur Reformation wurde nur wenig berichtet, woraus wir schließen dürfen, dass die Nonnen bei Rat und Bürgern Hamburgs wohl gelitten waren und ein friedliches Leben in ihrer klösterlichen Abgeschiedenheit führten. Das Leben der Nonnen verlief jahrzehntelang in altgewohnten Bahnen, bis durch die Reformation und die von Johannes Bugenhagen in Hamburg 1529 eingeführte neue Kirchenordnung der Einschnitt erfolgte, der den Wandel vom katholischen Zisterzienserinnenkloster zum evangelischen Damenstift herbeiführte.
"Das Leben der Nonnen verlief jahrzehntelang in altgewohnten Bahnen"
Für die Entwicklung des Klosters waren die den Nonnen 1293 von den holsteinischen Grafen erteilten Privilegien von besonderer Bedeutung. Ihnen wurden auf ewige Zeiten die bei den Dörfern Heimichhude und Odersvelde gelegenen Felder abgabenbefreit verkauft und die Befreiung von allen Lasten und Diensten bestätigt.Aus dieser Zeit rührt der Name Vrauwendal für das bei dem Dorfe Odersvelde am Ufer der Alster gelegene Tal. Doch auch der alte Name „Kloster Herwardeshude“ blieb gebräuchlich. Nach ihm wurde später der am rechten Alsterufer gelegene Stadtteil Harvestehude benannt. Viele Straßennamen wie Frauenthal, Klostergarten, Nonnenstieg und Abteistraße weisen noch heute auf die einstige Belegenheit des Klosters in dieser Gegend hin. Viele Dörfer und Liegenschaften, die heute Teil des Hamburger Stadtgebietes sind, gehörten dauernd oder vorübergehend zum Grundbesitz des Klosters, dessen Flächenumfang im 14. Jahrhundert größer als das Gebiet der damaligen Stadt Hamburg war.Über die Geschichte des Klosters und die Lebensführung der Klosterfrauen bis zur Reformation wurde nur wenig berichtet, woraus wir schließen dürfen, dass die Nonnen bei Rat und Bürgern Hamburgs wohl gelitten waren und ein friedliches Leben in ihrer klösterlichen Abgeschiedenheit führten. Das Leben der Nonnen verlief jahrzehntelang in altgewohnten Bahnen, bis durch die Reformation und die von Johannes Bugenhagen in Hamburg 1529 eingeführte neue Kirchenordnung der eingreifende Einschnitt erfolgte, der den Wandel vom katholischen Zisterzienserinnenkloster zum evangelischen Damenstift herbeiführte.
Die Räumung des Klosters
1528 mussten die Dominikanermönche das St. Johannis Kloster räumen. Da die Klosterfrauen zu Herwardeshude sich zunächst gegen die Annahme der evangelischen Lehre sperrten, wurden auf Beschluss von Rat und Bürgern am 10. Februar 1530 die Klostergebäude zerstört. Den Nonnen, die zum neuen Glauben übertreten und weiter ein zurückgezogenes Leben führen wollten, wurde jedoch vom Rat der Stadt angeboten, in das von den Dominikanermönchen geräumte St. Johannis Kloster überzusiedeln. Im Rezess von 1536 wurde bestimmt, den großen Güterbesitz des ehemaligen Klosters Herwardeshude zu erhalten.
Damit war die Säkularisation des alten Klosters Herwardeshude in ein evangelisches Damenwohnstift vollzogen. In der in dem Rezess von 1536 enthaltenen Bestimmung über die Verwendung der Klostereinkünfte ist der Stiftungszweck eines Wohnstiftes für ledige Hamburger Bürgertöchter bereits vorgezeichnet.Die Jungfrauen, die künftig in das Damenstift eintreten wollten, mussten von ihren Anverwandten eingekauft werden, ähnlich wie auch früher die Nonnen Schenkungen an Geld und Ländereien dem Kloster zugebracht hatten. Die große Beliebtheit, deren sich das Damenstift von jeher bei den Hamburger Familien bis zur Gegenwart erfreute, ließ es zu einem beliebten Patengeschenk werden. Dem Täufling wurde dadurch der Klosterbrief ausgestellt und in die Wiege gelegt. Durch die Zahlung der ersten Rate wurden die Rechte einer Exspektantin erworben, die nach einer Reihe von Wartejahren eine nach den vorhandenen Klassen sich steigernde Jahresrente und das Recht auf eine Freiwohnung als Conventualin erlangte.1837 musste das alte Klostergebäude wegen Baufälligkeit abgerissen werden. Die Stiftsdamen zogen in ein neu erbautes, sehr geräumiges Klostergebäude in der Nähe des heutigen Hauptbahnhofes um. 1914 musste auch dieses Gebäude den städtebaulichen Veränderungen weichen. Am 11. Juli 1914 wurde die jetzige Klosteranlage in der Heilwigstraße von dem damaligen Patron Bürgermeister O’Swald feierlich seiner Bestimmung übergeben.
Das "Conventualinnenhaus" und das "Witwenhaus" haben den letzten Krieg nahezu unversehrt überstanden.Das einst so große Grundvermögen des Klosters ist im Laufe der Zeit wesentlich geschrumpft. Viele der städtischen und ländlichen Grundstücke wurden schon während des 17. und 18. Jahrhunderts veräußert.1866 wurde der Grundbesitz auf Wunsch der Bürgerschaft an die Stadt für die Schaffung sozialer Einrichtungen übereignet, die sich dafür zu einer immerwährenden kleinen Jahresrente an die Kirche verpflichtete.
Die Stiftung wird wie seit den Tagen der Reformation durch die ehrenamtlich tätigen Patrone und Vorsteher vertreten. Die Vorsteher, die Domina und die Klosterschreiberin werden von den Patronen ernannt.Die eigentliche Geschäftsführung liegt heute in den Händen einer Hamburger Immobilien Verwaltung, die hierbei den Weisungen der Vorsteher zu folgen hat. Die innere Klosterordnung ist immer noch Aufgabe der Domina.